သဘာဝတရားကြီးကို လာလည်တဲ့အတွက် ကျေးဇူးတင်ပါတယ်။ သင်အသုံးပြုနေသောဘရောက်ဆာဗားရှင်းတွင် CSS အတွက် ပံ့ပိုးမှုအကန့်အသတ်ရှိသည်။ အကောင်းဆုံးအတွေ့အကြုံအတွက်၊ သင့်အား ဘရောက်ဆာဗားရှင်းအသစ်ကို အသုံးပြုရန် အကြံပြုလိုပါသည် (သို့မဟုတ် Internet Explorer တွင် လိုက်ဖက်ညီသောမုဒ်ကို ပိတ်ပါ)။ တစ်ချိန်တည်းတွင်၊ ဆက်လက်ပံ့ပိုးမှုသေချာစေရန်၊ ပုံစံများနှင့် JavaScript မပါဘဲဆိုက်များကိုပြသပါမည်။
Genome sequence သည် ကူးစက်ရောဂါဆိုင်ရာ သုတေသနနယ်ပယ်ကို ပြန်လည်အသက်ဝင်လာစေခဲ့ပြီး ရောဂါကူးစက်ရောဂါဗေဒ၊ ရောဂါဖြစ်ပွားမှု၊ လက်ခံနိုင်သော ရောဂါပိုးများ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှုနှင့် ရောဂါပိုးများအပေါ် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်များကို ဖော်ထုတ်ပြသခဲ့သည်။ Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) မှ Mycobacterium bovis သည် ကုန်းနေနို့တိုက်သတ္တဝါများတွင် တီဘီရောဂါ (TB) ကိုဖြစ်စေသော ၎င်း၏တိရစ္ဆာန်သပ္ပါယ်အင်္ဂါများထဲမှတစ်ခုအဖြစ် မှတ်ယူထားပြီး ဘက်တီးရီးယားဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၏ပုံမှန်ပုံစံတစ်ခုဖြစ်သည်။ အခြားသော MTBC အဖွဲ့ဝင်များကဲ့သို့ပင်၊ Mycobacterium bovis သည် တင်းကြပ်စွာပုံတူထားသော၊ ဖြည်းညှင်းစွာပြောင်းလဲနေသော ရောဂါပိုးတစ်မျိုးဟု ယူဆရပြီး ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်း သို့မဟုတ် အလျားလိုက်မျိုးဗီဇလွှဲပြောင်းခြင်း၏ လက္ခဏာမတွေ့ရပေ။ ဤလုပ်ငန်းတွင်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသောမျိုးရိုးများမှ (ဥရောပနှင့် အာဖရိက) နွား 70 M. ပေါင်းစပ်ထားသော ဂျီနိုအစီစဉ် (WGS) ဒေတာအစုံတွင် နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇများကို ကျင့်သုံးပါသည်။ ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းခြင်း၏ လက္ခဏာများကို ခန့်မှန်းရန် မတူညီသော နည်းလမ်းသုံးမျိုးကို အသုံးပြုသည်။ တစ်ကမ္ဘာလုံးတွင်၊ ခိုင်မာသောပံ့ပိုးမှုဖြင့် သီးခြားလွတ်လပ်သောနည်းလမ်းနှစ်ခုဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဖြစ်ရပ်အနည်းငယ်ကို ဖော်ထုတ်အတည်ပြုထားပါသည်။ မည်သို့ပင်ဆိုစေကာမူ ဗီဇပြောင်းလဲမှုများနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းသည် M. bovis ၏ကွဲပြားမှုအပေါ်တွင် အားနည်းသည် (စုစုပေါင်း r/m = 0.037)။ ကျွန်ုပ်တို့၏ဒေတာအတွဲရှိ Mycobacterium bovis ၏ clonal complex တွင်ရရှိသော r/m ပျမ်းမျှကွာခြားချက်သည် တူညီသောအစီအစဥ်အရသတ်မှတ်ထားသောမျိုးရိုးများကြားတွင် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းအဆင့်သည် ယေဘုယျအယူအဆနှင့်ကိုက်ညီပါသည်။ ဤလုပ်ငန်းကို အခြေခံ၍ Mycobacterium bovis တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းကို ဖယ်ရှား၍မရပါ၊ ထို့ကြောင့် ကမ္ဘာတစ်ဝှမ်းရှိ မတူညီသော ကူးစက်ရောဂါဆိုင်ရာ အခြေအနေများမှ WGS ၏ ကြီးမားသောဒေတာအစုံလိုက်သည် ယင်းတွင် အနာဂတ် နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ သုတေသနတွင် နောက်ထပ်ကြိုးပမ်းမှုများ ပြုလုပ်သင့်ပါသည်။ ထို့နောက် Multi-host TB ပျံ့နှံ့မှုမှသေးငယ်သော Mycobacterium bovis ဒေတာအစု (n = 42) တွင် ထပ်လောင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတစ်ခုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့ပြီး loci 1,800 ကျော်ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့ပြီး ၎င်းတို့ထဲမှ အနည်းဆုံး မျိုးကွဲတစ်မျိုးသည် nucleotide polymorphism (SNP) ကိုပြသခဲ့သည်။ အများစု (87.1%) သည် coding region တွင်တည်ရှိပြီး အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်သောပြောင်းလဲမှုများ (dN/dS) ၏ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာအချိုးအစားသည် 1.5 ထက်ကျော်လွန်နေသောကြောင့် အပြုသဘောဆောင်သောရွေးချယ်မှုသည် M. bovis တွင်အသုံးပြုသောအရေးကြီးသောဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အင်အားစုဖြစ်ကြောင်းဖော်ပြသည်။ SNPs များ၏ ပိုများသော အချိုးအစားကို "lipid metabolism"၊ "cell wall and cellular processes" နှင့် "intermediate metabolism and respiration" တို့၏ functional categories ကြွယ်ဝသော genes တွင် တွေ့ရှိခဲ့ပြီး Mycobacterium bovis အရေးပါမှု၏ ဇီဝဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင် ၎င်းတို့၏ အလားအလာကို ထုတ်ဖော်ပြသခဲ့ပါသည်။ အလျားလိုက်မျိုးရိုးဗီဇလွှဲပြောင်းခြင်းနှင့် 3R (DNA ပြုပြင်ခြင်း၊ ကူးယူခြင်းနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း) စနစ်တွင် ပါဝင်သော MTBC ဘိုးဘွားစဉ်ဆက်ရှိ ဗီဇများကို အနီးကပ်ကြည့်ရှုခြင်းက Taijima's D neutral test ၏ ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ ပျမ်းမျှအနုတ်လက္ခဏာတန်ဖိုးကို ဖော်ပြသည်၊၊ ယခင်ရွေးချယ်ထားသောစကင်န်ကို ညွှန်ပြသည့် မကြာသေးမီက လူဦးရေချဲ့ထွင်မှုတွင် ပိတ်ဆို့နေသောဘက်တီးရီးယားများကို တွန်းလှန်နိုင်သည့် အဓိကဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အတွက် အဓိကအချက်ဖြစ်နေဆဲဖြစ်သည်။ အိမ်ရှင်။
Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) သည် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများ၏ အအောင်မြင်ဆုံး အခွန်ဆောင်ခြင်းဖြစ်ပြီး ဘက်တီးရီးယားဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၏ ပုံမှန်ဖြစ်ရပ်တစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်း၏အဖွဲ့ဝင်များသည် genomic အဆင့် (> 99%)1,2 တွင် အံ့သြဖွယ်ကောင်းသော မြင့်မားသော နျူကလီးအိုတဒ်လက္ခဏာကို ပြသသည်။ မတူညီသော MTBC ဂေဟအမျိုးအစားများသည် သေးငယ်သောနို့တိုက်သတ္တဝါများမှ လူသားများအထိ ကျယ်ပြန့်သောအိမ်ရှင်မျိုးစိတ်များတွင် ကူးစက်နိုင်သော granulomatous ရောဂါဖြစ်သည့် တီဘီရောဂါ (TB) ကို ဖြစ်စေနိုင်သည်။ လောလောဆယ်တွင် အဆိုပါ ရှုပ်ထွေးမှုတွင် လူသားများ ပါဝင်သည်။ တီဘီရောဂါ (Mtb)၊ Mycobacterium africanum] နှင့် တိရစ္ဆာန်မှ လိုက်လျောညီထွေရှိသော ရောဂါပိုးများ (Mycobacterium bovis, Mycobacterium capitum, Mycobacterium pinnipedum, Mycobacterium microtobacter, Mycobacterium mongee, Mycobacterium miysani, Mycobacterium surika, "Bacillus "5"၊6) နှင့်။ M. canettii ("Nodobacter glabrata" ဟုလည်းလူသိများသည်) အထက်ဖော်ပြပါ mycobacteria ပါ၀င်သော ပျမ်းမျှ nucleotide လက္ခဏာသည် 98% ရှိပြီး နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာအလုပ်က M. canettii နှင့် ကျန် MTBC တို့သည် မကြာသေးမီက ဘုံဘိုးဘေးများနှင့် ကွဲလွဲနေပါသည်။7 ဤသဘောတရားကို ထည့်သွင်းစဉ်းစားခြင်းဖြင့် အချို့သောစာရေးဆရာများက MT BC ၏ အဖွဲ့ဝင်ဟုခေါ်ဆိုနိုင်ပါသည်။ canetti
MTBC ကို တင်းကျပ်သော clonal ရှုပ်ထွေးမှုအဖြစ် စနစ်တကျဖော်ပြထားပြီး ၎င်း၏လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံသည် လျော့ပါးကွဲပြားမှု၊ ပိတ်ဆို့မှုများ၊ ရွေးချယ်မှုစကင်န်ဖတ်ခြင်းနှင့် မျိုးရိုးလိုက်မှု 9,10 တို့ဖြင့် ရှင်းလင်းစွာ အုပ်ချုပ်ထားသည်။ ပျောက်ဆုံးနေသော polymorphisms များကဲ့သို့သော ရှုပ်ထွေးသော တင်းကျပ်သော clonal ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ပြန်လည်ရယူနိုင်မည်မဟုတ်ပေ။ ဤအကြောင်းအရာအပေါ် အခြေခံ၍ ကွဲပြားသောဒေသ (RD) နှင့် TbD1 (Mtb သီးခြားခွဲထုတ်ခြင်း 1 ဒေသ) ၏ မျိုးရိုးဗီဇကို ဖျက်ခြင်း၏ ဆက်တိုက်ဖြစ်ရပ်များကို MTBC ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် 2,5,11 ၏ မော်လီကျူးအမှတ်အသားများအဖြစ် အဆိုပြုခဲ့သည်။ နှိုင်းယှဉ်မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဂျီနိုအစီအစဥ်တစ်ခုလုံး (WGS) အလုပ်သည် လူသားများလိုက်လျောညီထွေရှိသော အဖွဲ့ဝင်များကို မျိုးရိုးကိုးမျိုး (Mycobacterium tuberculosis L1 to L4, L7, and L8; နှင့် Mycobacterium africanum L5, L6, and L9)၊ မျိုးရိုးများ L2 မှ L4 သို့ မျှဝေထားသော TbD1 region2၊13112၊ ထို့အပြင်၊ တိရစ္ဆာန်အလိုက် လိုက်လျောညီထွေရှိသော အဖွဲ့ဝင်များသည် RD7၊ RD8၊ RD9 နှင့် RD102၊ 5၊ နှင့် 14 တွင် clade-specific clades များဖြင့်သတ်မှတ်ထားသော ဘုံဘိုးဘေးတစ်ဦးကိုမျှဝေရန် အဆိုပြုထားသည်။
အလျားလိုက် မျိုးဗီဇ လွှဲပြောင်းခြင်း (HGT) နှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း ဖြစ်ရပ်များကို MTBC အဖွဲ့ဝင် 15,16,17 တစ်ခုလုံး၏ မတူညီသော သမိုင်းကြောင်းထက် MTBC ၏ ဘိုးဘေးများတွင် ရှားပါးပြီး ဖြစ်ပေါ်လာပါသည်။ Hughes နှင့် ပူးပေါင်းဆောင်ရွက်သူများ (2002) နှင့် Gutacker နှင့် ပူးပေါင်းဆောင်ရွက်သူများ (2006) တို့၏ အစောပိုင်းအစီရင်ခံစာနှစ်ခုက M. tuberculosis strains18,19 တွင် သီးခြား loci များကို အမှတ်အသားပြုသော polymorphisms များကို ပုံသွင်းရာတွင် အထောက်အကူဖြစ်စေနိုင်ကြောင်း အကြံပြုထားသည်။ MTBC တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း မရှိခြင်း၏ အကြောင်းရင်းများမှာ- (၁) စက်ပိုင်းဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်နှင့် HGT ၏ စွမ်းရည် ဆုံးရှုံးမှု၊ (2) HGT ဖြစ်ရပ်များ ရှားပါးခြင်း၊ (၃) MTBC niche14,17 တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဖြစ်ရပ်များ ဖြစ်နိုင်ချေမရှိပါ။ မကြာသေးမီက၊ MTBC မျိုးရိုးဗီဇ 20 နှင့် Mycobacterium bovis 21 တို့ကို အသုံးချသည့် ဂျီနိုအစီအစဥ်တစ်ခုလုံး (WGS) လေ့လာမှုအချို့သည် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဆိုင်ရာ အထောက်အထားများ ပြသခဲ့ပြီး MTBC မျိုးကွဲများသည် သေးငယ်သော DNA အပိုင်းအစများကို မကြာခဏဖလှယ်လေ့ရှိကြောင်း ပြသခဲ့သော်လည်း အကန့်အသတ်ရှိသော nucleotide အမျိုးအစားကွဲလွဲမှုကြောင့် ဤဖြစ်ရပ်များကို သတိမပြုမိသေးပါ။
Mycobacterium bovis သည် တိရစ္ဆာန်များ (အဓိကအားဖြင့် ကျွဲ၊ နွားများ) မှ ပြန်လည်ကောင်းမွန်သည့် MTBC အဖွဲ့ဝင်အဖြစ် အများဆုံးဖြစ်ပြီး ၎င်းကို ကင်းလွတ်ကာ ခြံခတ်ထားသော တောရိုင်းတိရိစ္ဆာန်များနှင့်လည်း သီးခြားခွဲထုတ်နိုင်သော်လည်း ၄င်းကို M. bovis သည် အဓိက clonal complex ငါးခုအဖြစ်သို့ ပြောင်းလဲလာပါသည် [European 1 (Eu1), European 2 (Eu2), European 3 (Eu3), African 1 (Af1) နှင့် Africa 2 (Af2)], spoligotyping ပရိုဖိုင်၊ တိကျသော ဖျက်မှုများနှင့် single nucleotide polymorphisms (SNP2 7, 25) အတိအကျ၊ မျိုးဗီဇ ဤ clonal ရှုပ်ထွေးမှုများသည် Mycobacterium bovis လူဦးရေ၏ ကွဲပြားသောဖွဲ့စည်းပုံနှင့် ပထဝီဝင်ဒေသများနှင့် ဆက်စပ်မှုကို သရုပ်ပြသည်။ ထို့အပြင်၊ Zimpel နှင့် ပူးပေါင်းဆောင်ရွက်သူများ (2020) မှ ဆောင်ရွက်သော မကြာသေးမီက WGS သည် Mycobacterium bovis ၏ SNP ၏ SNP ကိုအခြေခံ၍ ဇီဝကမ္မပုံစံကို ဒီဇိုင်းထုတ်ထားပြီး ဂျီနိုမ်ပေါင်း 1,900 ကျော်ရှိကာ အနည်းဆုံး မျိုးရိုးလေးမျိုး (Lb1 မှ Lb1 မှ Lb4 ဟုအမည်ပေးထားသည့်) ၎င်းတို့သည် ယခင်ကသတ်မှတ်ထားသော geography 3 နှင့် လုံးဝကိုက်ညီခြင်းမရှိကြောင်း ညွှန်ပြထားသည်။ ဤစာရေးဆရာများသည် phylogeny နှင့် molecular dating ၏ ကွဲပြားသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့သော်လည်း ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်း 30 ကို မလေ့လာခဲ့ပါ။
ကွဲပြားသော မော်လီကျူးပုံရိုက်ခြင်း၊ MIRU-VNTR (mycobacterial interspersed repeat unit-variable tandem repeat နံပါတ်) နှင့် မကြာသေးမီက SNP စာရိုက်ခြင်းဖြင့် M. bovis strains 31,32,33, 34,35 တို့တွင် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုအဆင့်ကို ဖော်ပြခဲ့သည်။ မျိုးရိုးဗီဇကွဲလွဲမှု၏ ကွဲပြားမှုသည် ရောဂါကူးစက်မှုဆိုင်ရာ နက်ရှိုင်းစွာနားလည်သဘောပေါက်ရန် အထောက်အကူဖြစ်စေသည့် ရောဂါကူးစက်မှုဆိုင်ရာလေ့လာမှုတွင် အရေးကြီးသောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်လာသည်။ WGS နည်းလမ်း၏ ပေါ်ထွက်မှုသည် Mycobacterium bovis genome မှ ချမှတ်ထားသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် မောင်းနှင်မှုဆိုင်ရာ အကြောင်းရင်းများကို ထုတ်ဖော်ပြသရန် ဖြစ်နိုင်ခြေကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
ဤလုပ်ငန်းတွင်၊ Mycoplasma bovis ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ထိုးထွင်းသိမြင်နိုင်ရန်၊ အထူးသဖြင့် ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေးများနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဆိုင်ရာ ဖြစ်ရပ်များကို ဖြေရှင်းရန် အမျိုးမျိုးသော Mycoplasma bovis ဒေတာအတွဲများ (n=70) တွင် နှိုင်းယှဉ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်ကို အသုံးပြုပါသည်။ ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ ဖြည့်စွက်ချက်အနေဖြင့် ပေါ်တူဂီ 31,36 ရှိ ကောင်းမွန်သောသွင်ပြင်လက္ခဏာရှိသော multi-host တီဘီရောဂါဧရိယာမှရရှိသော M. bovis isolates (n = 42) ၏ ဒေတာအစုခွဲတစ်ခုကို အထောက်အထားမဟုတ်သောဟု အဓိပ္ပာယ်ဖွင့်ဆိုရန်အတွက် ထပ်လောင်းရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့သည့် နှိုင်းယှဥ်အချိုးအစား (dN) နှင့် အဓိပ္ပါယ်တူသော (dS) nucleotide ၏ အစားထိုးပါဝင်မှုများကဲ့သို့ တူညီသောပါဝင်မှုအဖြစ် ဖော်ပြထားသော nucleotides စာပေ၊ ၎င်းတို့သည် HGT မှတဆင့် MTBC ဘိုးဘေးများမှ ရရှိသော 37,38 ဖြစ်ပြီး၊ 3R (DNA ပြုပြင်ခြင်း၊ ထပ်တူပြုခြင်းနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း) စနစ်ဗီဇဆိုင်ရာ အစိတ်အပိုင်းများကို ကုဒ်လုပ်ခြင်း 39. ၎င်းတို့သည် ရှေးခေတ် polymorphisms များကို ကိုယ်စားပြုနိုင်သောကြောင့် ၎င်းတို့ရရှိသော ဗီဇများကို ရွေးချယ်ပါ၊ ထို့ကြောင့် ၎င်းတို့တွင် ထပ်တူထပ်မျှပြောင်းလဲမှုများ၏ အချိုးအစားပိုမိုပါဝင်နိုင်မည်ဟု မျှော်လင့်ပါသည်။ 3R စနစ်တွင် ပါဝင်သော ဗီဇများကို ယခင်က အမ်တီဘီရောဂါ ပိုးမျိုးကွဲများတွင် လုပ်ဆောင်ခဲ့သော ယေဘုယျ အနုတ်လက္ခဏာ/ သန့်စင်မှု ရွေးချယ်မှုများကို ညွှန်ပြသောကြောင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် 39 တွင် ၎င်းတို့သည် အရေးကြီးသော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်နိုင်ပါသည်။ ဤလုပ်ငန်း၏ နောက်ထပ် ရည်မှန်းချက်မှာ ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းခြင်း ဖြစ်ရပ်များ ရှိနေကြောင်း တွက်ဆရန် ဖြစ်ပါသည်။ ထို့ကြောင့်၊ ကျွန်ုပ်တို့၏ ပေါ်တူဂီမှ ကျွန်ုပ်တို့၏ဒေတာအတွဲတွင် European clone complex 2 ၏ genomes နှင့် clone complex တို့အား တာဝန်မပေးသောမျိုးကွဲများသာ ပါဝင်သည်ဟု သုံးသပ်ခြင်းဖြင့်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် နောက်ဆုံးတွင် clone complexes အားလုံး၏ ကိုယ်စားလှယ်တစ်ဦးကိုရရှိရန် လူသိရှင်ကြားရရှိနိုင်သော ဂျီနိုမ်ဒေတာကို ထည့်သွင်းရန် ဆုံးဖြတ်ခဲ့ပြီး ရလဒ်များ၏ ကြံ့ခိုင်မှုနှင့် ကျယ်ပြန့်မှုတို့ကို တိုးတက်စေပါသည်။
ပေါ်တူဂီ အစုလိုက် အစုလိုက် အစုလိုက် တီဘီရောဂါ မြင်ကွင်း (အောက်ပါအသေးစိတ်အချက်များ) မှ စီဆက်ထားသော Mycoplasma bovis ဂျီနိုမ် 42 မျိုး (အောက်ပါအသေးစိတ်များ)၊ ယခင်က ကူးစက်ရောဂါဗေဒရှုထောင့်မှ လက္ခဏာရပ် 36 သည် ဤလုပ်ငန်း၏ ဗဟိုချက်ဖြစ်သည်။ ပေါ်တူဂီနိုင်ငံမှ ဒေတာအစုံတွင် သတ်မှတ်ထားသော ရှုပ်ထွေးမှုများမရှိဘဲ ဥရောပ 2 မျိုးပွားနှင့် မျိုးကွဲများ၏ ကိုယ်စားလှယ်များသာ ပါ၀င်သည်ဟု ယူဆသဖြင့် M. bovis clone complexes ၏ ကိုယ်စားလှယ်အားလုံးပါဝင်သည့် ဒေတာအစုံကို ချဲ့ထွင်ရန်အတွက် လူသိရှင်ကြားရနိုင်သော ဂျီနိုမ်တစ်မျိုးလုံး စီစီကိန်းဒေတာကို ထည့်သွင်းထားပါသည်။ ထို့ကြောင့်၊ ဤလုပ်ငန်းတွင် ဂျီနိုမ်ပေါင်းစပ်ခြင်းဒေတာအရင်းအမြစ်သုံးခုကို အသုံးပြုခဲ့သည်- ပြီးပြည့်စုံသော/မူကြမ်း ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲ၊ NCBI (National Center for Biotechnology Information) တွင် သိမ်းဆည်းထားသော Scaffold 10 ခုအထိ (n = 15 isolates); SRA တွင်သိမ်းဆည်းထားသည့် (n=12 isolates)30; နှင့် ပေါ်တူဂီမှ မျိုးဆက်သစ် ဂျီနိုမ် ၄၂ မျိုး။ Mycobacterium bovis BCG (Bacille Calmette-Guerin) ကို NCBI ရှာဖွေမှုမှ ဖယ်ထုတ်ထားသည်။ M. bovis AF2122/97 ကို dataset တွင်ထည့်သွင်းရန်အကိုးအကားဂျီနိုမ်အဖြစ်အသုံးပြုသည်။ African 1 cloning complex မှ ကိုယ်စားပြုသော ဂျီနိုအာ တစ်မျိုးလုံး၏ အများသူငှာ မရရှိနိုင်ခြင်းကြောင့် Af2 နှင့် Eu1 ၏ ကိုယ်စားလှယ်မျိုးကွဲများမှ ဂျီနိုမ်အနည်းစုကို SRA မှ ပံ့ပိုးပေးသော မူရင်း စီစစ်ဒေတာကို ဤကိစ္စများတွင် အသုံးပြုခဲ့သည်။ Zimpel နှင့် သူ၏ပူးပေါင်းဆောင်ရွက်သူများ (2020) ၏အလုပ်သည် အထက်ဖော်ပြပါပုံတူပွားခြင်းရှုပ်ထွေးမှုမှ ဂျီနိုမ်ကို ခွဲခြားသိရှိနိုင်စေပြီး ဒေတာအစုံတွင် Mycobacterium bovis ကို ရွေးချယ်ရန် ကူညီပေးခဲ့သည်။ Eu3 အတွက်၊ ဂျီနိုမ်တစ်မျိုးတည်းကိုသာ ဖော်ပြသည် (Branger et al., 2020)၊ ထို့ကြောင့် ကျွန်ုပ်တို့ပါဝင်သော ဂျီနိုမ်သည် Eu3 ရှုပ်ထွေးမှု၏ သီးခြားကိုယ်စားပြုဖြစ်သည်။
တစ်ကမ္ဘာလုံးတွင်၊ ဤဒေတာအစုတွင် အိမ်ရှင်မျိုးစိတ် 8 ခုမှ သီးခြားခွဲထုတ်ထားသော နွား 70 ကောင်ပါဝင်ပြီး 1985 မှ 2016 ခုနှစ်အထိ နိုင်ငံပေါင်း 12 နိုင်ငံတွင် ဖြန့်ဝေထားသည်။ မျိုးစိတ် 36 မျိုးကို Eu2 အဖြစ်သတ်မှတ်ကာ 7 မျိုးစိတ်မှာ Eu1၊ 1 မျိုးစိတ်မှာ Eu3၊ 3 မျိုးစိတ်မှာ Af1 ဖြစ်ပြီး 4 မျိုးစိတ်မှာ Af2 နှင့် 19 မျိုးစိတ်များအောက်တွင်မရှိပါ။ ဤလေ့လာမှုတွင်အသုံးပြုသော Mycobacterium bovis ၏အသေးစိတ်အချက်အလက်များ (ဝင်ရောက်ခွင့်နံပါတ်အပါအဝင်) ကို ဇယား 1 နှင့် နောက်ဆက်တွဲဇယား 1 တွင်ပြသထားသည်။
ပေါ်တူဂီတိရစ္ဆာန်တီဘီရောဂါဟော့စပေါ့များမှ Mycobacterium bovis ၏ မျိုးဆက်သစ် မျိုးရိုးဗီဇ 42 ခုလုံးကို 12 နှစ်ကျော်ကြာ ဖြန့်ဝေထားပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော တောရိုင်းတိရစ္ဆာန်-မွေးမြူရေးရောဂါစနစ်များကို ပုံမှန်စောင့်ကြည့်နေသောကြောင့် ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော တောရိုင်းတိရစ္ဆာန်-မွေးမြူရေးဆိုင်ရာရောဂါစနစ် 31,36 (နောက်ဆက်တွဲပုံ။ 1)။ နောက်ဆက်တွဲလုပ်ထုံးလုပ်နည်းများအရ ဤမျိုးကွဲများကို ကျွဲနွား (n=14)၊ သမင်နီ (n=16) နှင့် တောဝက် (n=12) တို့မှ ၂၀၀၃ ခုနှစ်မှ ၂၀၁၅ ခုနှစ်အထိ ခွဲထုတ်ထားပါသည်- အကြံပြုထားသော ပရိုတိုကော လမ်းညွှန်ချက်များနှင့်အညီ တိရိစ္ဆာန်များကို စုဆောင်း ကိုင်တွယ် ကိုင်တွယ်ခြင်း တိရစ္ဆာန်နမူနာများကို OIE Terrestrial Animal Handbook တွင် တွေ့ရှိရပြီး တိရိစ္ဆာန်များကို စုစည်း၍ ကိုင်တွယ်ကိုင်တွယ်ခြင်း ဖြစ်သည်။ အလယ်အလတ်နှင့် အရည်လတ်။ ယဉ်ကျေးမှုများကို ၃၇ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်တွင် ပေါက်ဖွားပြီး ကြီးထွားမှုကို တစ်ပတ်လျှင် တစ်ကြိမ် အနည်းဆုံး ၁၂ ပတ်ကြာ စစ်ဆေးသည်။ ကိုလိုနီများကို -80ºC တွင် glycerol ဖြေရှင်းချက်တွင် တိုက်ရိုက်သိမ်းဆည်းထားသည်။ Mycobacterium Selective medium (Middlebrook 7H9, BD Diagnostics) တွင် မူရင်းသိမ်းဆည်းထားသောနမူနာများကို WGS ပရိုဂရမ်၏ DNA ရရှိရန် ဗီတိုအတွင်း တစ်ခုတည်းသော လမ်းကြောင်းတစ်ခုမှတစ်ဆင့် ဖြတ်သန်းသွားပါသည်။ ယင်းအတွက်၊ အေးခဲသောယဉ်ကျေးမှုစတော့ရှယ်ယာဖြေရှင်းချက်တွင် 37°C Retrain တွင် Middlebrook 7H9 တွင် 5% ဆိုဒီယမ် pyruvate နှင့် 10% ADS (50 g albumin၊ ဂလူးကို့စ် 20 ဂရမ်၊ ဆိုဒီယမ်ကလိုရိုက် 8.5 ဂရမ်) ဖြင့် ကြွယ်ဝသည်။ ကြီးထွားမှု 4 ပတ်အကြာတွင်၊ အလယ်အလတ်ကိုအသစ်ပြန်လည်ပြုပြင်ခဲ့ပြီးကြီးထွားမှုကိုလေ့လာတွေ့ရှိသည်အထိယဉ်ကျေးမှုကိုပုံမှန်စောင့်ကြည့်ခဲ့သည်။ ဆဲလ်များကို အာရုံစူးစိုက်မှုဖြင့် ရိတ်သိမ်းခဲ့ပြီး၊ အခွံကို 500 µL ဖော့စဖိတ်ဆားရည် (PBS) တွင် 99°C တွင်အပူပေးကာ မိနစ် 30 ကြာ အာရုံစူးစိုက်စိုက်ထုတ်ပြီး supernatant ကို -20°C တွင် သိမ်းဆည်းထားသည်။ လုပ်ထုံးလုပ်နည်းအားလုံးကို အဆင့် 3 ဇီဝလုံခြုံမှုဆိုင်ရာ အဆောက်အအုံများတွင် လုပ်ဆောင်သည်။
WGS တွဲထားသော-အဆုံး ဂျီနိုမီစာကြည့်တိုက်သည် DNA နမူနာတစ်ခုစီ၏ ထူးခြားသောအညွှန်းကိန်းကို အသုံးပြု၍ ပြင်ဆင်ထားပြီး Illumina MiSeq (2 × 250 pb) (နမူနာ 40) နှင့် HiSeq (2 × 150 pb) (အထီးကျန်နှစ်ခု) နည်းပညာ (Eurofins Genomics၊ Germany) ကို အသုံးပြုပါသည်။ ထုတ်လုပ်သူ၏ ညွှန်ကြားချက်အရ၊ မျိုးဗီဇ DNA ကို စီစဥ်ရန် နှစ်ထပ် module ပူးတွဲပါရှိသော Illumina Genome Analyzer ကို အသုံးပြုကာ စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရန်အတွက် Illumina မှ Nextera XT DNA Library Prep Kit ကို အသုံးပြုပါ။
SRA (n = 12) မှ ပြန်လည်ရယူထားသော ဒေတာကို ထည့်သွင်းစဉ်းစားခြင်းဖြင့် ကိုယ်ပွားရှုပ်ထွေးမှုကို ဖော်ထုတ်ခြင်းအား သက်ဆိုင်ရာထုတ်ဝေမှု 30၊ 41၊ 43 ၏ metadata အဖြစ်အသုံးပြုနိုင်ပါသည်။ clone အဖွဲ့ဝင်များဖြစ်သည့် Mycobacterium bovis AF2122/97 နှင့် Mycobacterium E3601 ၏ရှုပ်ထွေးသော 3601၊ 25၊ 29၊ အသီးသီး၊ ၎င်းသည် Mycobacterium tuberculosis H37Rv (NCBI ချိတ်ဆက်မှုနံပါတ် NC_000962.3) ၏ ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်နှင့် တူညီသည်။ ဂျီနိုမ် ချိန်ညှိခြင်းကို MAFFT (အမိုင်နိုအက်ဆစ် သို့မဟုတ် နျူကလီးအိုတိုက် အစီအစဉ်၊ ဗားရှင်း 7.458) နှင့် ကန့်သတ်ချက်-addfragments48 ကို အသုံးပြု၍ လုပ်ဆောင်သည်။ ထို့နောက် မတူညီသော clonal ရှုပ်ထွေးမှုများနှင့်/သို့မဟုတ် SNP အင်္ဂါရပ်များရှိနေခြင်းကို ရှာဖွေပါ။
အသစ်ထည့်သွင်းထားသော Mycobacterium bovis (n = 42) နှင့် စုစည်းထားသော ဂျီနိုမ်မူကြမ်း (n = 3) ၏ မူရင်းဖတ်ထားသော ရှုပ်ထွေးမှုများကို ကိုးကားထားသော ဂျီနိုမ် Mycobacterium tuberculosis H37Rv နှင့် vSNP ပိုက်လိုင်းမှတစ်ဆင့် ဖျက်ခြင်းနှင့်/သို့မဟုတ် SNP အင်္ဂါရပ်များ ရှိနေခြင်းတို့ကို ရှာဖွေမှုတစ်ခု ပြုလုပ်ခဲ့သည်။
သက်ဆိုင်ရာ clonal complex သို့ genomic data ကိုသတ်မှတ်ရန် အင်္ဂါရပ်များမရှိခြင်း နှင့်/သို့မဟုတ် SNP ၏ရှိနေ/မရှိခြင်း နှင့် spoligotyping ပရိုဖိုင်များမှ အချက်အလက်များကို စုဆောင်းပါ။ မူကြမ်းစည်းဝေးပွဲလေးခုအတွက်၊ spoligotyping ပရိုဖိုင်ကို ကောက်ချက်မချနိုင်သောကြောင့် ၎င်းတို့ကို "ရှုပ်ထွေးမှုမရှိသော" အုပ်စုတွင် ထည့်သွင်းထားသည်။
ဤအလုပ်၏နောက်ဆက်တွဲဖြစ်သော bioinformatics လုပ်ငန်းအသွားအလာသည် de novo စည်းဝေးပွဲနှင့် မြေပုံဆွဲခြင်းမှအစပြုပြီး ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြစ်ရပ်များနှင့် သီးခြားဂျီနိုမ်ပိုလီမိုဖီများကိုရှာဖွေရန် ရည်ရွယ်ချက်ဖြင့် ရည်ညွှန်းဗျူဟာတစ်ခုသို့ စတင်သည်။ ပုံ 1 သည် လုပ်ဆောင်ခဲ့သည့် အဆင့်များ၏ စီးဆင်းမှုဇယားကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအတွက်၊ ကောက်ချက်များနှင့် ဆက်စပ်ညွှန်းကိန်းများ၏ ကြံ့ခိုင်မှုကို တိုးမြှင့်ရန်အတွက် ဂျီနိုအာအားလုံးကို အသုံးပြုပါသည်။
Genome consensus sequences မျိုးဆက်များတွင် အမှားအယွင်းများကို လျှော့ချရန်အတွက်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် de novo assembly ကို ဦးစွာရယူပြီးနောက် core multiple alignments ကို ရရှိခဲ့ပါသည်။ Unicycler ပိုက်လိုင်းကို https://github.com/rrwick/Unicycler49 တွင် လက်ရှိရရှိနိုင်ပြီး ၎င်းသည် စီတန်းထားသော ဂျီနိုမ် 54 ခု (SRA မှ ပြန်လည်ရယူထားသော ဂျီနိုမ် 54 ခု) ကို လုပ်ဆောင်ရန်အတွက် အသုံးပြုထားသည်။ အတိုချုပ်ပြောရလျှင်၊ အစမှမတပ်ဆင်မီ၊ FastQC ဗားရှင်း 0.11.7 (https://github.com/s-andrews/FastQC) နှင့် Trimmomatic ဗားရှင်း 0.36 (ရွေးချယ်မှု "ဖြတ်တောက်ခြင်း အဒပ်တာများနှင့် အခြားအလင်းရောင်ဆိုင်ရာ သီးသန့်အတွဲများကို ဖတ်ရှုခြင်းမှ" နှင့် "အခြေများကို ဖြတ်တောက်ခြင်း" တို့သည် အဟောင်းထက် 20 ၏ အဆုံးတွင် အသုံးပြုထားသည့် အရည်အသွေးကို ပြန်လည်ဖတ်ရှုမည်ဆိုပါက၊ (http://www.usadellab.org/cms/?page= trimmomatic) 50. ထို့နောက်၊ SPAdes optimiser49 ကို ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲအတွက် အသုံးပြုခဲ့ပြီး Pilon ဗားရှင်း 1.1851 ကို အစုအဝေးပြုပြီးနောက် ပိုမိုကောင်းမွန်အောင်ပြုလုပ်ရန်အတွက် အသုံးပြုခဲ့သည်။ မှားယွင်းသော စုဝေးမှုကို ရှောင်ရှားရန် ရှေးရိုးဆန်သော ပေါင်းကူးမုဒ်ကို ရွေးချယ်ထားပြီး k-mer အရွယ်အစားကို ရှာဖွေပြီး ဖတ်ရှုသည့် အရှည်၏ 20% နှင့် 95% ကြားတွင် ရွေးချယ်ထားသည်။ SPAdes လမ်းညွှန်ချက်များကို လိုက်နာပြီး ဖတ်နိုင်သော အရွယ်အစားကို ဆင်ခြင်ပါ၊ 300 bp ထက်သေးငယ်သော contigs များကို ဖျက်ကာ 20 read depth coverage cutoff ကို 20 ချမှတ်ပါ။ de novo assembly မဟာဗျူဟာတွင်၊ အလွန်ထပ်တလဲလဲရှိသော proline-glutamate (PE) နှင့် proline-proline glutamate (PPE) ကဲ့သို့သော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဒေသများကို ဖယ်ရှားမည်မဟုတ်ပါ။
de novo စည်းဝေးပွဲ၏ အရည်အသွေးကို QUAST ပိုက်လိုင်း (http://quast.sourceforge.net/quast.html) မှတဆင့် အကဲဖြတ်ပြီး contig ၏ သက်တမ်းတိုးခြင်းနှင့် M. bovis AF2122/97 ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ် (NCBI ချိတ်ဆက်မှုနံပါတ် LT708304.1) မြေပုံဆွဲခြင်း (နောက်ဆက်တွဲ ပါရာမီတာကိုကြည့်ပါ)။
vSNP ပိုက်လိုင်း (https://github.com/USDA-VS/vSNP) ၏အကူအညီဖြင့် Illumina sequencing မှ အသစ်စီစီထားသော M. bovis ၏ FASTQ ဖိုင်ကို M. bovis AF2122/97 ရည်ညွှန်းဂျီနိုမို (LT708304.1) နှင့် နှိုင်းယှဉ်ထားသည်။ Genome Analysis Toolkit (GATK) 53၊ 54၊ 55 ၏ အကောင်းဆုံး အလေ့အကျင့် အကြံပြုချက်များအရ ပြန်လည်ချိန်ညှိရန်အတွက် စံ filter ဘောင်များ သို့မဟုတ် မူကွဲအစုလိုက်အပြုံလိုက်ရမှတ်များကို အသုံးပြုပါသည်။ ရလဒ်များကို အနိမ့်ဆုံး SAMtools အစုလိုက်အပြုံလိုက် ရမှတ် 150 နှင့် AC = 2 ကို အသုံးပြု၍ စစ်ထုတ်ထားပါသည်။ ညစ်ညမ်းမှုကို တားဆီးရန် ဖတ်ရှုမှုများကို စစ်ဆေးရန် Kraken (http://ccb.jhu.edu/software/kraken/) ကို အသုံးပြုပါ။ ကျွန်ုပ်တို့၏အလုပ်ရှိ ဗျူဟာများကို စီစဥ်ရန် မြေပုံပြုလုပ်ရန်အသုံးပြုသည့် vSNP ပိုက်လိုင်းသည် သတ်မှတ်ထားသော SNP များနှင့် ပစ်မှတ်များကို စစ်ဆေးပြီး ရောထွေးကူးစက်မှုအခြေအနေများကိုပါ ဖယ်ထုတ်ထားသည်။ ဖတ်ရှုထားသော ဂျီနိုမ်လွှမ်းခြုံမှုသည် 99% ထက် ပိုကောင်းသည် (နောက်ဆက်တွဲဇယား 1)။
မြေပုံဆွဲခြင်းအမှားများနှင့် SNP များကို ရှောင်ရှားရန် အောက်ပါကိစ္စများတွင် မူကွဲတစ်ခုကို စစ်ထုတ်ပါ- (1) ဖတ်ရှုမှု 20 ထက်နည်းသော ပံ့ပိုးမှု၊ (2) အကြိမ်ရေ 0.9 ထက်နည်းသော ကြိမ်နှုန်းဖြင့် တွေ့ရှိနိုင်သည်၊ (3) ၎င်းသည် အနည်းဆုံး မျိုးကွဲတစ်မျိုးတွင် ရှိနေသော်လည်း အခြားမျိုးကွဲများတွင် ကွာဟချက် အနည်းဆုံး ရှိနေပါသည်။ ပေါင်းစပ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇကြည့်ရှုသူ (IGV) ဗားရှင်း 2.4.19 (http://software.broadinstitute.org/software/igv/)56 ကို မြေပုံဆွဲခြင်း သို့မဟုတ် ချိန်ညှိခြင်းပြဿနာများဖြင့် SNPs နှင့် တည်နေရာများကို အမြင်အာရုံဖြင့် အတည်ပြုရန်အတွက် အသုံးပြုထားပါသည်။ proline-glutamate (PE) နှင့် proline-proline glutamate (PPE) ဗီဇများသည် အလွန်ပွားများပြီး ဗီဇမျိုးစုံမိသားစု၏ တစ်စိတ်တစ်ပိုင်းဖြစ်သောကြောင့်၊ ၎င်းတို့ကို Illumina စီစစ်ခြင်းနှင့် ပုံဖော်ခြင်းများကြောင့် နားလည်မှုလွဲသွားသည့်အတွက် ၎င်းတို့ကို ဦးစားပေးလုပ်ဆောင်ရခြင်းမှာ mycobacterial bioinformatics workflow ကို ဦးစားပေး၍ တီဘီရောဂါရှုပ်ထွေးသော NP အဖွဲ့ဝင်များကို ဗျူဟာ၏နောက်ဆက်တွဲအဖြစ် အတည်ပြုရန် ဖယ်ရှားလိုက်ပါသည်။ ထို့ကြောင့်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုမှ PE/PPE မျိုးဗီဇများနှင့် အင်ဒဲလ်များကို စစ်ထုတ်ထားပါသည်။
Bovilist (http://genolist.pasteur.fr/BoviList/) အရ၊ SNP အားလုံးကို လုပ်ဆောင်နိုင်သော အမျိုးအစားများအဖြစ် ပိုင်းခြားထားသည်။ SnpEff ပိုက်လိုင်း (https://pcingola.github.io/SnpEff/) ကို SNP အကျိုးဆက်များ (အဓိပ္ပါယ်တူ သို့မဟုတ် အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်သော အပြောင်းအလဲများ) ကို တွက်ဆရန် အသုံးပြုပါသည်။ Mycobacterium bovis AF2122/97 genome (LT708304.1) ၏ ဒေတာဘေ့စ်အသစ်ကို ဖန်တီးခဲ့သည်။
ပင်မဂျီနိုမ် မျိုးစုံသော ချိန်ညှိမှုကို Parsnp v1.2 ကို အသုံးပြု၍ လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်၊ လက်ရှိတွင် https://github.com/marbl/parsnp57 တွင်ရရှိနိုင်ပြီး 69 ပြီးပြည့်စုံသော genomes/draft စည်းဝေးပွဲများ (ရွေးချယ်မှု -c) နှင့် M. bovis AF2122/97 (LT708304.1) ကို ကိုးကားရန်အတွက် အသုံးပြုထားသည်။ core multiple alignment လေးခုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်- Eu2 cloning complex (n=37) မှ အဖွဲ့ဝင်များသာ ဥရောပ cloning complex (n=44) အပါအဝင် European နှင့် African cloning complex (n=51) နှင့် ဤလေ့လာမှုတွင် Mycobacterium bovis (n=70) အားလုံးပါဝင်ပါသည်။
Parsnp မှထုတ်ပေးသော core alignment ကို RAxML ကိုအသုံးပြု၍ CIPRES Science Gateway v3.3 (http://www.phylo.org/)58 ကို အသုံးပြု၍ အများဆုံးဖြစ်နိုင်ခြေ (ML) phylogenetic သစ်ပင်ကို ခန့်မှန်းရန် အသုံးပြုပြီး 1000 လမ်းညွှန်ချက်ဖြင့် ထပ်တူကျစေပါသည်။
မတူကွဲပြားသော algorithms နှင့် bioinformatics ကိရိယာသုံးမျိုးကို မျဉ်းပြိုင်တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဆိုင်ရာ ဖြစ်ရပ်များ ရှိနေခြင်းအား စစ်ဆေးရန် အသုံးပြုသည်- SplitsTree4 ဆော့ဖ်ဝဲလ်၊ Gubbins (နျူကလိယအစီအစဥ်တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းမှ တစ်ဆင့် ဘက်မလိုက်သော မျိုးရိုး) နှင့် RDP4 (ပြန်လည်ပေါင်းစပ်သိရှိနိုင်မှု ပရိုဂရမ်၊ ဗားရှင်း beta 4.101) ဆော့ဖ်ဝဲ။
SplitsTree4 v4.15.1 (http://www.splitstree.org/)59 တွင် အကောင်အထည်ဖော်ထားသည့် ကွဲကွဲပြိုကွဲမှုနည်းလမ်းကို ကိန်းဂဏန်းအချက်အလက်အတည်ပြုရန်အတွက် Phi test ကိုအသုံးပြုကာ အဓိပ္ပာယ်သတ်မှတ်ချက်သည် p = 0.05 ဖြစ်သည်။ Parsnp ၏ core multi-alignment ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ထည့်သွင်းမှုအဖြစ် အသုံးပြုပြီး ခွဲခြမ်းကွဲခြင်းအား ကွန်ရက်စံနှုန်းအဖြစ် နားလည်သဘောပေါက်ပါသည်။
Gubbins ပိုက်လိုင်း v2.3.1 (https://github.com/sanger-pathogens/gubbins60 သည် Mycobacterium bovis အပေါ် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်း၏ အကျိုးသက်ရောက်မှုကို အကဲဖြတ်ရန် အခြားနည်းလမ်းအဖြစ် မူရင်းဘောင်ဘောင်များဖြင့် လုပ်ဆောင်ပါသည်။ ပိုက်လိုင်းတွင် အကောင်အထည်ဖော်သည့် အယ်လဂိုရီသမ်သည် သက်ဆိုင်ရာ ကိုးကားထားသော မျိုးရိုးစဉ်ဆက်ကို ပြန်လည်တည်ဆောက်ပေးသည် (ကျွန်ုပ်တို့၏ ဂျီနိုမ်/ဒေတာဘိုဗစ် အစုအဝေး၏ ဂျီနိုမ်/မူကြမ်းအစုံအလင်နှင့် ဗီဇအစုံအလင်ကို ပြန်လည်တည်ဆောက်သည်။ AF2122/97, LT708304.1) သည် အပြန်အလှန်အားဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဖြစ်ရပ်ကို ကိုယ်စားပြုသည့် SNP အစုအဝေးကို ရှာဖွေရန် သစ်ပင်၏ အကိုင်းအခက်တစ်ခုစီရှိ SNP ၏ အနေအထားကို စစ်ဆေးပြီး အကိုင်းအခက်၏ သုညသည် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်သည့်ဖြစ်ရပ်မရှိဟု ယူဆပါ၊ ဆိုလိုသည်မှာ အကိုင်းအခက်ပေါ်ရှိ SNPs များကို ML ၏ ရမှတ်များ အညီအမျှ ဖြန့်ဝေသင့်ပါသည်။ ထည့်သွင်းဖိုင်များအဖြစ် အသုံးပြုသည်။
နောက်ဆုံးတွင်၊ Gubbins ပိုက်လိုင်းမှ အကြံပြုထားသော ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းခြင်းဖြစ်ရပ်ကို အတည်ပြုရန်အတွက် RDP467 တွင် အကောင်အထည်ဖော်ခဲ့သော အယ်လဂိုရီသမ်ခြောက်ခု (RDP61၊ GENECONV62၊ Bootscan63၊ Maxchi64၊ Chimaera65 နှင့် SiScan66) ကို မူရင်းဆက်တင်များအောက်တွင် Parsnp ၏ core multiple alignment တွင် သက်ရောက်ပါသည်။ RDP4 တွင် အကောင်အထည်ဖော်ထားသော အနည်းဆုံး အယ်လဂိုရီသမ်သုံးခုအနက်မှ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဖြစ်ရပ်တစ်ခုစီကို အတည်ပြုရန် အရေးကြီးသောအချက်ပြမှုကို အမြဲမပြတ်ပြသရမည်ဟု ကျွန်ုပ်တို့ ဆုံးဖြတ်ထားပါသည်။
Gubbins နှင့် RDP ဆော့ဖ်ဝဲ နှစ်ခုစလုံးသည် 500 bp အထိရှိသော ပြတင်းပေါက်ရှိ core multiple alignments များကို စစ်ဆေးခြင်းဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း အချက်ပြမှုများကို ရှာဖွေနေပြီး de novo စည်းဝေးပွဲအတွင်း PE/PPE ဗီဇများ ပါဝင်နေခြင်းသည် တွေ့ရှိသော ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းအချက်ပြမှုများကို အနှောင့်အယှက်ပေးမည်မဟုတ်ကြောင်း အတည်ပြုခြင်း၊ ထပ်ဆင့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအား ထပ်တူထပ်မျှဖြစ်စေသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်သတ်မှတ်ခြင်း အနီးတစ်ဝိုက်ကို စစ်ဆေးပါ။ ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်ကို အသုံးပြု၍ ပေါင်းစပ်ထားသော မြေပုံကို MAUVE-multi-genome alignment (http://darlinglab.org/mauve/mauve.html) ကို အသုံးပြု၍ ဒေသဆိုင်ရာ ဂျီနိုမ် ကူးပြောင်းမှုများ သို့မဟုတ် ပြောင်းပြန်လှန်မှုများကို ဖယ်ထုတ်ရန် ဖန်တီးထားသည်။ ထို့အပြင်၊ SyntTax ဝဘ်ဆာဗာ (https://archaea.i2bc.paris-saclay.fr/SyntTax/) မှတဆင့် အမိုင်နိုအက်ဆစ် sequence အပေါ် တူညီသော တူညီသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု လုပ်ဆောင်ရန် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို အသုံးပြုခဲ့သည်။
Portuguese multi-host tuberculosis system မှရရှိသော genome data set ၏ ပိုမိုနက်ရှိုင်းသောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုမှာ စာပေတွင်ဖော်ပြထားသော ဗီဇ၏ polymorphism ကို စစ်ဆေးရန်ဖြစ်သည်။ ဤဗီဇများသည် 37,38 ရှိပြီး MTBC ဘိုးဘေးများမှ ရရှိသော ဗီဇ 3R သည် HGT (DNA ပြုပြင်ခြင်း၊ ကူးယူခြင်းနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း) စနစ် အစိတ်အပိုင်းများ 39. ClustalX v2.1 (http://www.clustal.org/clustal2/) ကို အသုံးပြုပြီး DnaSP v6.12.03 (http://www.clustal2/) (http://www.clustal.org/clustal2/) ကိုသုံး၍ gene diversity (http://www.uspna) nucleotide diversity (π) နှင့် Tajima's D neutral test parameter ထည့်သွင်းခြင်း။
Mycoplasma bovis အထီးကျန်များနှင့် အကိုးအကား ဂျီနိုမ် 69 ခုအပေါ် အခြေခံ၍ အမြင့်ဆုံးဖြစ်နိုင်ခြေ (ML) ဇီဝကမ္မသစ်ပင်ကို ရရှိခဲ့သည် (ပုံ 2A)။ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံသစ်ပင်များ သို့မဟုတ် နေရာမျိုးစုံအခြေခံသစ်ပင်များနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက၊ ဤနည်းဗျူဟာသည် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံး၏ ကွဲပြားမှုကို မဖမ်းဆုပ်နိုင်သော ပိုမိုအားကောင်းသောသစ်ပင်များ မျိုးဆက်ကို ထုတ်ပေးနိုင်ပြီး ထို့ကြောင့် မျိုးစိတ် 68,69 အကြား ခွဲခြားဆက်ဆံနိုင်မှု နည်းပါးကြောင်း ပြသထားသည်။ ML သစ်ပင်၏ ထိပ်ပိုင်းဖွဲ့စည်းပုံသည် အများအားဖြင့် ရှုပ်ထွေးသော အမျိုးအစားခွဲခြင်းနှင့် ကိုက်ညီသည်။ Eu2 ၏ ဂျီနိုမ်ကို အကိုင်းအခက်တစ်ခုတွင် စုပြုံထားပြီး Af1 ၏ ဂျီနိုမ်ကိုလည်း အတူတကွ အစုလိုက်အပြုံလိုက် (ပုံ 2A)။ ရလဒ်သည် Mycobacterium bovis ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ဆက်နွယ်မှုနှင့်အညီ ဖြစ်သည်၊ ဆိုလိုသည်မှာ Eu1 အဖွဲ့ဝင်နှင့် အခြားသော clonal complexes များနှင့် genomes များအားလုံးပါဝင်သော အုပ်စုကြားတွင် ကြီးမားသော ကွာခြားချက်ရှိသော်လည်း clonal complex 30 ကို မဖော်ပြထားပါ။ clonal complex နှင့် phylogenetic tree တွင်တွေ့ရသော ဆက်စပ်မှုအကြား သေးငယ်သောမညီညွှတ်မှုကို clonal complex သည် သီးခြား genomic regions များပေါ်တွင် အခြေခံ၍ ဖော်ပြထားပြီး၊ phylogenetic tree သည် genome တစ်ခုလုံးကို ကိုယ်စားပြုသည့် core genomes အများအပြား alignments များအပေါ် အခြေခံ၍ ရှင်းပြနိုင်ပါသည်။
အများဆုံးဖြစ်နိုင်ခြေအများဆုံး phylogenetic သစ်ပင် (GTR) ကို ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသောနေရာ၏ Mycobacterium bovis ဂျီနိုမ်၏ core genome ချိန်ညှိမှုအပေါ် အခြေခံ၍ တည်ဆောက်ထားသည်။ အကိုင်းအခက်အရောင်များသည် Mycobacterium bovis clone complex ကိုကိုယ်စားပြုသည်- Europe 1 သည် ခရမ်းရောင်ဖြစ်ပြီး Europe 2 သည် အနီရောင်၊ Europe 3 သည် အပြာရောင်၊ Africa 1 သည်လိမ္မော်ရောင်ဖြစ်ပြီး Africa 2 သည်အစိမ်းရောင်ဖြစ်သည်။ သစ်ပင်ကို အမြစ်တွယ်ပြီး အတိုင်းအတာတစ်ခုအထိ ဆွဲထုတ်ပြီး အကိုင်းအခက်အလျားကို ဆိုက်တစ်ခုစီအတွက် အစားထိုးအဖြစ် တိုင်းတာသည်။
Mycobacterium tuberculosis complex သည် မျိုးရိုးလိုက်သော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အဖြစ် ဖော်ပြထားပြီး နှစ်များတစ်လျှောက် စုဆောင်းထားသော အထောက်အထားအများစုသည် MTBC15,17,18 ၏ MTBC15,17,18 တွင် ဆက်လက်ဖြစ်ပေါ်နေသော HGT နှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြစ်ရပ်များ ဖြစ်ပွားမည်မဟုတ်ကြောင်း အယူအဆကို ထောက်ခံပါသည်။
ယခင်အလုပ်က MTBC strains 20,21 ကြားတွင် အကန့်အသတ်ဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်နိုင်သည်ကို ပြသခဲ့ပြီး အချို့က တိုင်းတာနိုင်သော ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဖြစ်ရပ်များ 70,71 ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ပျက်ကွက်ခဲ့သည်။ Mycobacterium tuberculosis 70,71 ဟုသာသတ်မှတ်ထားသည့်ယခင်အလုပ်နှင့်မတူသည့် Mycobacterium bovis ကို အဓိကထား၍ ဤပြဿနာကို ပြန်လည်ဆွေးနွေးပါ။ သို့မဟုတ် MTBC တစ်ခုလုံးကို ထည့်သွင်းစဉ်းစားရန်၊ သို့မဟုတ် ကန့်သတ်ထားသော နွားအပိုင်းအစများကိုသာ စဉ်းစားပါ။ mycobacteria dataset၊ ဤလုပ်ငန်းတွင်၊ ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ရန်အတွက် အသုံးပြုသည့် clonal complexes အားလုံးကိုကိုယ်စားပြုသော စုစုပေါင်း 70 မျိုးကွဲများရှိပါသည်။ ဒေတာအစုံကို စုစည်းမှုအဆင့် လေးခုအရ တိုင်းတာသည်- (1) Eu2 အဖွဲ့ဝင်များ၊ (2) ဥရောပကိုယ်ပွားရှုပ်ထွေးသောအဖွဲ့ဝင်များ (ဆိုလိုသည်မှာ Europe)၊ (3) ဥရောပနှင့် အာဖရိကကိုယ်တူကူးယူရှုပ်ထွေးမှု (Eu+Af) နှင့် (4) ဒေတာစုဆောင်းမှုတစ်ခုလုံး (ဖော်ပြထားပြီးဖြစ်သည့် မည်သည့် clone complexes တွင်မပါဝင်သည့် genomes များအပါအဝင်)။
ဤယူဆချက်ကို ထပ်မံလေ့လာရန်အတွက်၊ ဂျီနိုမ်များကြားတွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဆိုင်ရာ ဖြစ်ရပ်များမရှိခြင်းအား အကဲဖြတ်ရန်၊ ဤနည်းလမ်းသည် လူတစ်ဦးချင်းစီကြားတွင် ဘိုးဘွားစဉ်ဆက်ဆက်နွယ်မှုကို မြင်သာစေပြီး ကွဲလွဲနေသော ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇအချက်ပြမှုများကို ပြသနိုင်သောကြောင့်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ဒေတာအတွဲလေးခုစလုံးသည် ကွန်ရက်အတွင်း ကွင်းဆက်များတည်ရှိကြောင်း အတည်ပြုခဲ့သည် (ဆိုလိုသည်မှာ သစ်ပင်တစ်ခုတည်းသို့ မပေါင်းနိုင်သောနေရာများ)၊ သို့သော် Phi စမ်းသပ်မှုတွင် ကိန်းဂဏန်းဆိုင်ရာ ပံ့ပိုးမှုမရှိပါက (Eu2၊ p = 0.0956; Europe၊ p = 0.1637; Eu + Af p = 0.2774; ဒေတာအစုံလိုက် p = 11) တစ်ခုလုံးအတွက် ညံ့ဖျင်းသော ဖြစ်ရပ်များအားလုံးကို ပံ့ပိုးပေးသော p = 0.2၊ (ပုံ 3A-D)။
Europe တွင် genome 2 မျိုး (n=37) (A), European genomes (n=44) (B), European and African genomes (n=51) (C) နှင့် data set (n=70) (D) တစ်ခုလုံး။
ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာပြီးနောက်၊ ကွန်ရက်အားလုံးရှိ စက်ဝန်းကြည့်ရှုမှုများကို ထည့်သွင်းစဉ်းစားကာ Gubbins ပိုက်လိုင်းတွင် အကောင်အထည်ဖော်ခဲ့သော ပြန်လည်တည်ဆောက်ရေးဆိုင်ရာ အယ်လဂိုရီသမ်ကို clonal မျိုးရိုးကို ပြန်လည်တည်ဆောက်ရန်နှင့် M. bovis ဂျီနိုမ်အပေါ် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း၏ အကျိုးသက်ရောက်မှုကို ခန့်မှန်းချက်ဖြည့်စွက်ရန်အတွက် အသုံးချခဲ့သည်။ terminal အကိုင်းအခက်များ (ဆိုလိုသည်မှာ ဂျီနိုအာတစ်ခုတည်းတွင်) (ဇယား 2) တွင် ဖြစ်ပွားခဲ့သော ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဆိုင်ရာ အဖြစ်အပျက်များ၏ စုစည်းအရေအတွက်ကို တွက်ချက်ပါ။ ဤအညွှန်းကိန်းများသည် ဒေတာအစုတစ်ခုလုံး၏ ညီညွတ်မှုကိုပြသပြီး ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဖြစ်စဉ်များ၏ အကြိမ်ရေသည် ဗီဇပြောင်းလဲမှုများထက် အဆ 200 မှ 300 ထိရှိကြောင်း ညွှန်ပြပါသည်။ ဌာနခွဲရှိ recombination နှင့် point ပြောင်းလဲမှုများ၏ ဆွေမျိုးနှုန်းများကို ကိုယ်စားပြုသည့် rho/theta ဘောင်သည် 0.0037 နှင့် 0.0056 ကြားဖြစ်သည် (ဇယား 3)။ မကြာသေးမီက၊ 38 M. bovis strain ၏ထုတ်ဝေသည့်အလုပ်သည် ဤဒေတာအတွဲတွင်ရရှိသော rho/theta တန်ဖိုး (rho/theta = 0.1) ထက်ပိုမိုမြင့်မားသည်ကို သရုပ်ပြခဲ့သော်လည်း Patané နှင့် လုပ်ဖော်ကိုင်ဖက်များ၏အလုပ်သည် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဘောင်များကို ကောက်ချက်ချရန်အတွက် ကိုးကားမှုအခြေခံစည်းဝေးပွဲကိုအသုံးပြုခဲ့သည်၊ စည်းဝေးပွဲလုပ်ထုံးလုပ်နည်းအရ abundance ဖြစ်ရပ်များနှင့်ဆက်စပ်နေသောကြောင့်၊ လုပ်ထုံးလုပ်နည်းအသေးစိတ်တစ်ခု၊ အခက်။
ထို့နောက်၊ r/m ကန့်သတ်ချက်သည် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းနှင့် ဗီဇပြောင်းလဲခြင်းမိတ်ဆက်ခြင်း၏ ကွဲပြားမှုအချိုးကို ကိုယ်စားပြုပြီး ၎င်း၏ပျမ်းမျှတန်ဖိုးသည် 0.025 နှင့် 0.037 အကြားဖြစ်ပြီး ဗီဇပြောင်းလဲမှုများနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းသည် M. bovis ၏မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုအပေါ် အလုံးစုံသက်ရောက်မှုနည်းပါးကြောင်း ညွှန်ပြသည် (ဇယား 3)။ ကျယ်ပြန့်သောနှိုင်းယှဉ်မှုအတွက်၊ ပျမ်းမျှတန်ဖိုး 0.48620 ကိုပြသသည့် MTBC ဒေတာအတွဲအတွက် r/m ပါရာမီတာကို ခန့်မှန်းရန် အလားတူနည်းလမ်းကို အသုံးပြုခဲ့ပြီး Patané နှင့် လုပ်ဖော်ကိုင်ဖက်များ၏ 38 M. bovis dataset အတွက် ပျမ်းမျှတန်ဖိုးမှာ 0.98 ဖြစ်ကြောင်း သက်သေပြခဲ့သည်။ ပထမလေ့လာမှုတွင်၊ M. bovis (M. bovis BCG နှင့် ရည်ညွှန်းသောမျိုးကွဲ) တွင်ပါဝင်သော ဂျီနိုအာ ၂၃ မျိုးအနက်မှ နှစ်ခုသာ တူညီသောကြောင့် ရရှိသောတန်ဖိုးသည် M. tuberculosis genome ၏ဖော်ပြမှုလွန်ကဲခြင်းကြောင့် ဘက်လိုက်နိုင်သည်။ ဒုတိယအစီရင်ခံစာတွင်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာထားသော Mycobacterium bovis လူဦးရေများကို အဓိကအားဖြင့် အမေရိကန်ပြည်ထောင်စုနှင့် မွေးမြူရေးအိမ်ရှင်များမှ ပြန်လည်တွေ့ရှိခဲ့သည်။ ဆန့်ကျင်ဘက်အားဖြင့်၊ ကျွန်ုပ်တို့၏ဒေတာအတွဲတွင်၊ ပထဝီဝင်တည်နေရာနှင့် လက်ခံမျိုးစိတ်များကို ပိုမိုကိုယ်စားပြုပြီး မတူညီသောလူဦးရေမျိုးရိုးဗီဇလက္ခဏာများရှိသည့် မတူညီသော clonal complexes များအဖြစ် အုပ်စုဖွဲ့ထားသော genomes များကိုလည်း အသုံးပြုသည့်အတွက် ပိုမိုနက်နဲပြီး ပိုမိုကျယ်ပြန့်သော လူဦးရေအသိပညာကို ရရှိစေပါသည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ဒေတာအတွဲနှင့်ရရှိသော r/m ပျမ်းမျှတန်ဖိုးကွာခြားချက်သည် တူညီသောအခွန်စည်းကြပ်ထားသောမျိုးစိတ်များသို့သတ်မှတ်ပေးထားသောမျိုးရိုးများကြားတွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်မှုအတိုင်းအတာနှင့် အလွန်ကွာခြားသောကြောင့် ဤရလဒ်များက M. bovis clone complex သည် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်မှုကွဲပြားမှုများကိုပြသနိုင်သည် သက်ရောက်မှုကိုလည်း Didelot & Maiden72 မှ အကြံပြုထားသည်။ မည်သို့ပင်ဆိုစေကာမူ၊ M. bovis genomes အများအပြားပါဝင်သော ဤအချက်အလက်ကို သိသာထင်ရှားစွာ ချဲ့ထွင်ခြင်းသည် ဤအချက်ကို ပိုမိုရှင်းလင်းစေမည်ဖြစ်သည်။ r/m နှင့် rho/theta ကန့်သတ်ချက်များ နှစ်ခုစလုံးသည် အကိုင်းအခက်များကြား ကွဲပြားမှုကို ပြသပြီး ဤရလဒ်သည် အခြားဘက်တီးရီးယားမျိုးစိတ် 72,73 ဆိုင်ရာ အစီရင်ခံစာများနှင့် ကိုက်ညီပါသည်။
နောက်ဆုံးတွင်၊ Gubbins ပိုက်လိုင်းမှသတ်မှတ်ထားသော ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းခြင်းဖြစ်ရပ်များကို အတည်ပြုရန်အတွက် မတူညီသော core multi-comparisons များကို သီးခြားလွတ်လပ်စွာစမ်းသပ်ရန် RDP4 ဆော့ဖ်ဝဲတွင် မတူညီသော algorithms ခြောက်ခုကို အသုံးပြုခဲ့သည်။ တစ်ကမ္ဘာလုံးတွင်၊ Gubbins မှသတ်မှတ်ထားသော ဖြစ်ရပ်များ၏ ထက်ဝက်အောက်ကို RDP4 (ဇယားများ 4 နှင့် 5) မှ အတည်ပြုခဲ့သည်။ ဒေတာအစုတစ်ခုလုံးကို ထည့်သွင်းစဉ်းစားခြင်းဖြင့်၊ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်း ဖြစ်ရပ်သုံးခုကို အတည်ပြုခဲ့ပြီး၊ အတွင်းပိုင်းဆုံမှတ်နှစ်ခုနှင့် terminal ဌာနခွဲတစ်ခုရှိ ဂျီနိုမီတစ်ခုပါဝင်သော အခြားတစ်ခုသည် clonal complexes များကို တာဝန်ပေးအပ်ခြင်းမပြုနိုင် (ဇယားများ 4 နှင့် 5)။ Terminal အကိုင်းအခက်များရှိ ဖြစ်ရပ်များကို ဖော်ထုတ်ခြင်းသည် ခေတ်ပြိုင် M. bovis မျိုးကွဲများတွင် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းကို လုပ်ဆောင်နေဆဲဖြစ်သည် သို့မဟုတ် ရလဒ်သည် နေရာလွဲမှားခြင်း 70 ဖြစ်သည်ကို ဖော်ပြနိုင်သည်။ ဤယူဆချက်အတိုင်း ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသတွင်၊ ရာထူးများ၏ ခန့်မှန်းခြေ 20% တွင် သတ်မှတ်ထားသော မသတ်မှတ်ထားသော nucleotides (N) ရှိသည်၊ ထို့ကြောင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းအချက်ပြမှုကို ထိခိုက်စေသည် (နောက်ဆက်တွဲ ပုံ 2)။ ထို့အပြင်၊ ဤဒေသသည် အလွန်ထိန်းသိမ်းထားနိုင်ဖွယ်ရှိသည့် 16S ribosomal RNA ကို ကုဒ်လုပ်ထားသည့် rrs ဗီဇကို သက်ရောက်သည်၊ ထို့ကြောင့် ဤ putative recombination signal သည် ဆက်တိုက်အမှားအယွင်းများ သို့မဟုတ် မှားယွင်းသောချိန်ညှိမှု၏ရလဒ်ဖြစ်နိုင်သည်။ ထို့နောက် Mb0003 နှင့် Mycobacterium bovis AF2122/97 အကြား ဂျီနိုအာတန်းညှိမှုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့ပြီး၊ သတ်မှတ်မထားသော nucleotides နှင့် SNPs များရှိကြောင်း အတည်ပြုခဲ့သည်၊ ထို့ကြောင့် မှားယွင်းသော ချိန်ညှိမှုဆိုင်ရာ ပြဿနာများသည် ဤလုပ်ငန်းတွင် လုပ်ဆောင်ခဲ့သော ဇီဝအချက်အလက်ကြောင့် မဟုတ်ဘဲ ပရိုဂရမ်ကို လေ့လာပြီးနောက် ပေါ်လာခြင်းဖြစ်သည်။
အတွင်းပိုင်း node များ၏ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသများတွင် ကွာဟမှု သို့မဟုတ် သတ်မှတ်မထားသော နျူကလီးအိုရိုက်များကို မတွေ့ရှိရပါ (ပုံ 4 နှင့် 5)။ ဤဖြစ်ရပ်များနှင့်ပတ်သက်၍၊ တစ်ခုတွင် Eu2 ဂျီနိုမ်တစ်ခုသာပါဝင်ပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော polyketide synthase ကို encode လုပ်သည့် pks12 ဗီဇကို သက်ရောက်မှုရှိသည်။ အခြားတစ်မျိုးသည် Eu1 ဂျီနိုမ်တွင် မှတ်ပုံတင်ထားပြီး ဖြစ်နိုင်သည့် နိုက်ထရိတ်ရီဒက်တက်စ် (ဇယား 4) ကို ကုဒ်လုပ်သည့် narX ဗီဇအပေါ် သက်ရောက်မှုရှိသည်။ ယေဘူယျအားဖြင့်၊ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်သည် ကိန်းဂဏန်းအချက်အလက်ဆိုင်ရာ ပံ့ပိုးမှုဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းအပိုင်းအစများ အကန့်အသတ်ရှိကြောင်း ပြသပြီး ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းသည် M. bovis မျိုးရိုးအပေါ် သက်ရောက်မှုနည်းပါးကြောင်း ကောက်ချက်ချထားသည့် ညွှန်ကိန်းများက ဖော်ပြသည်။ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းအချက်ပြမှုမှာ နည်းပါးမည်ဟု မျှော်လင့်သော်လည်း စိန်ခေါ်မှုတစ်ခုဖြစ်သည့် နောက်ခံဆူညံသံမှ စစ်မှန်သောဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အချက်ပြမှုကို ခွဲခြားသိမြင်ရန် အရေးကြီးပါသည်။ 70၊ 71 အကိုးအကားအခြေခံ စုဝေးမှုနှင့် မကိုက်ညီသော ပြဿနာများမှ မိတ်ဆက်သည့် ဆူညံသံအချက်ပြမှုကို လျှော့ချရန်အတွက် ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်မှလွဲ၍ ကျန်အားလုံးကို အစမှ စုစည်းကာ QUAST ပိုက်လိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု (နောက်ဆက်တွဲဇယား 1) ဖြင့် တပ်ဆင်အရည်အသွေးကို စစ်ဆေးပြီး သေချာစေပါသည်။ ထို့အပြင်၊ စစ်တမ်းတစ်ခုလုံး၏ ကြံ့ခိုင်မှုနှင့် တိကျမှုကို ပေးစွမ်းရန် နောက်ဆက်တွဲ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို ဆက်တိုက်ပြုလုပ်ခဲ့သည်။ ထို့ကြောင့်၊ narX နှင့် pks12 ဗီဇများ၏ စီတန်းခြင်းအရည်အသွေးကို Mycobacterium bovis AF2122/97 ဆန့်ကျင်သည့် ဖတ်ရှုမြေပုံထုတ်ခြင်းဖြင့် အကဲဖြတ်ခဲ့သည်။ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းသည့်ဒေသရှိ အကြံပြုထားသော SNP အနေအထားကို နည်းလမ်းကဏ္ဍတွင် ဖော်ပြထားသော စံနှုန်းများကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် အတည်ပြုခဲ့သည် (အနည်းဆုံး 20 ကြိမ်နှုန်းနှင့် 0.9 ပြောင်းလဲမှု)။ narX ဗီဇ၏ polymorphism ကို ဂျီနိုမ်နှစ်ခု (Mb1792361 နှင့် Mb7240415; 2.3%) နှင့် pks12 genome ၏ genomes- Mb0891၊ Mb1711၊ Mb1789၊ Mb1870၊ Mb1870၊ Mbgene နှင့် Mb17 သို့ရာတွင်၊ ဂျီနိုမ် Mb2043 အတွက်၊ ရာထူးရှစ်ခုမှ ခြောက်ခုသည် ဖတ်ရှုမှုအတိမ်အနက်စံနှုန်းနှင့် မကိုက်ညီသောကြောင့် SNP အား အများဆုံးဖတ်ရှုမှု 17 ခုဖြင့် ပံ့ပိုးထားပြီး၊ သတ်မှတ်ထားသော ဖြတ်တောက်မှုတန်ဖိုး 20 အောက်ဖြစ်သည်။ ထို့ကြောင့်၊ ဤဂျီနိုဆိုက်ဆိုက်တွင် ဂျီနိုအာခြောက်ခု (8.6%) ကို အတည်ပြုနိုင်သည် (ပုံ 4 နှင့် 5)။
Mycobacterium bovis dataset ၏ ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ထားသော ဒေသ ချိန်ညှိမှု၏ အသေးစိတ် ပုံဖော်ချက်သည် ဖြစ်နိုင်သည့် နိုက်ထရိတ် reductase ကို ကုဒ်သွင်းသည့် narX ဗီဇအပေါ် သက်ရောက်မှုရှိသည်။ အတွင်းပိုင်း node များ၏ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသတွင် ကွာဟချက် သို့မဟုတ် သတ်မှတ်မထားသော နျူကလီယိုကို မတွေ့ရှိပါ။ ဤဖြစ်ရပ်ကို Eu1 ဂျီနိုမ်တွင် မှတ်ပုံတင်ထားသည်။ Mycobacterium bovis AF2122/97 ၏ဖတ်ပြမှုကို ပုံဖော်ခြင်းဖြင့် narX ဗီဇ၏ စီတန်းအရည်အသွေးကို အကဲဖြတ်ခဲ့သည်။ နည်းလမ်းကဏ္ဍတွင် ဖော်ပြထားသော စံနှုန်းများကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဧရိယာရှိ အကြံပြုထားသော SNP တည်နေရာကို အတည်ပြုပါ (အနည်းဆုံး 20 ကြိမ်နှုန်းနှင့် 0.9 ပြောင်းလဲမှု)။ narX ဗီဇ၏ polymorphism ကို Mb1792361 နှင့် Mb7240415 (2.3%) ၏ genomes တွင် အပြည့်အဝအတည်ပြုခဲ့သည်။
pks12 ဗီဇကို ထိခိုက်စေသော Mycoplasma bovis ဒေတာအတွဲ၏ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသ ချိန်ညှိမှုကို အသေးစိတ်မြင်ယောင်ခြင်း။ အတွင်းပိုင်း node များ၏ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသတွင် ကွာဟချက် သို့မဟုတ် သတ်မှတ်မထားသော နျူကလီယိုကို မတွေ့ရှိပါ။ pks12 gene encoding ဖြစ်နိုင်သော polyketide synthase ကိုအကျိုးသက်ရောက်သည့်ဖြစ်ရပ်နှင့်ပတ်သက်၍၊ ၎င်းတွင် Eu2 genome သာပါရှိသည်။ Mycobacterium bovis AF2122/97 ၏ဖတ်ပြမြေပုံဖြင့် pks12 ၏ စီတန်းခြင်းအရည်အသွေးကို အကဲဖြတ်ခဲ့သည်။ နည်းလမ်းကဏ္ဍတွင် ဖော်ပြထားသော စံနှုန်းများကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဧရိယာရှိ အကြံပြုထားသော SNP တည်နေရာကို အတည်ပြုပါ (အနည်းဆုံး 20 ကြိမ်နှုန်းနှင့် 0.9 ပြောင်းလဲမှု)။ ဂျီနိုမ် Mb0891၊ Mb1711၊ Mb1789၊ Mb1870၊ Mb1758၊ Mb2043 နှင့် Mb1960 တို့၏ polymorphisms များကို အပြည့်အဝ အတည်ပြုထားသည်။
PE နှင့် PPE ဗီဇများတွင် Illumina စီစစ်ခြင်းနှင့် ပုံဖော်ခြင်းများကြောင့် အလွယ်တကူ လွဲမှားနိုင်သော ထပ်တူထပ်မျှသော ဗီဇများရှိသည်၊ ထို့ကြောင့် ၎င်းတို့ကို M. တီဘီရောဂါအဖွဲ့ဝင်များ၏ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းအသွားအလာမှ ပုံဖော်ခြင်းမှ ဆက်တိုက်ပြုလုပ်ခြင်းဗျူဟာကို အသုံးပြုမှသာ ၎င်းတို့ကို များသောအားဖြင့် ဖျက်ပစ်ပါသည်။ ဤအလုပ်တွင်အသုံးပြုသည့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြစ်ရပ်များ၏ ကောက်ချက်သည် PE/PPE ကို စစ်ထုတ်ခြင်းမပြုဘဲ de novo စည်းဝေးပွဲကို အခြေခံထားသည်။ SplitsTree၊ Gubbins ပိုက်လိုင်းနှင့် RDP4 ဆော့ဖ်ဝဲလ်များမှတစ်ဆင့် မတူညီသော ဖြည့်စွက်နည်းလမ်းများနှင့် အယ်လဂိုရီသမ်သုံးခုကို အကောင်အထည်ဖော်ခြင်းဖြင့်၊ အသုံးချနည်းဗျူဟာများသည် အမှားအယွင်းအချက်ပြမှုများကြောင့် ဖြစ်ပေါ်လာသော ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းထားသော ဒေသများကို စီစစ်ရာတွင် အားကောင်းသည်ဟု ကျွန်ုပ်တို့ယုံကြည်ပါသည်။ သို့သော်လည်း၊ Gubbins နှင့် RDP4 ဆော့ဖ်ဝဲပေါ်ရှိ PE/PPE ဗီဇ၏ ဝင်ရောက်စွက်ဖက်မှုကို ဖယ်ထုတ်ရန်အတွက် SNP အစုအဝေးများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းဖြစ်ပြီး၊ ထို့ကြောင့် narX နှင့် pks12 ဗီဇကို ထိခိုက်စေရန် အဆိုပြုထားသော ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော ဒေသများကို ဖော်ထုတ်ခြင်းအတွက်၊ အဆိုပါ ဗီဇများ၏ အနီးနားကို စစ်ဆေးခဲ့သည် (နောက်ဆက်တွဲ ပုံ။ 3-5)။ M. bovis AF2122/97 တွင်၊ narX ဗီဇကို narK2 နှင့် Mb1764c ဖြင့် ပိုင်းခြားထားပြီး pks12 ကို Mb2075c e Mb2073c (နောက်ဆက်တွဲပုံ 3-5) ဖြင့် ဝန်းရံထားသည်။ ပြီးပြည့်စုံသော ဂျီနိုမ်၏ MAUVE synline မြေပုံကို အသုံးပြု၍ ထုတ်ပေးသည့်မြေပုံသည် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အစီအစဥ်ထိန်းသိမ်းမှုနှင့် ပြန်လည်ဖွဲ့စည်းခြင်းဆိုင်ရာ အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးသည်၊ ကော်လိုင်းနားတုံးလေးခုကိုပြသကာ ဂျီနိုမ်ကူးပြောင်းခြင်း သို့မဟုတ် ပြောင်းပြန်လှန်ခြင်း၏ လက္ခဏာများမရှိပါ။ ထို့အပြင်၊ အမိုင်နိုအက်ဆစ်အစီအစဥ်ဖြင့် ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ပြီးပြည့်စုံသောမျိုးရိုးဗီဇအားလုံးတွင် တူညီကြောင်းသက်သေပြခဲ့ပြီး narX သို့မဟုတ် pks12 ၏ကပ်လျက်ဒေသများတွင် PE/PPE မတွေ့ရှိခဲ့ပါ။ narX အတွက်၊ ဂျီနိုမ်တစ်ခု (Mb0030) တွင် narX ဗီဇကို အစိတ်စိတ်အမွှာမွှာနှစ်ပိုင်း (အပိုင်းအစ 1891 နှင့် 1890) အဖြစ်သတ်မှတ်ထားသောကြောင့် တူညီသောရမှတ် နည်းပါးပါသည်။ pks12 အတွက်၊ ဆင်တူယိုးမှားများကြောင့် Mb0030 နှင့် Mb003 တို့သည် တူညီသောရမှတ်များ နည်းပါးသည်ကို ပြသခဲ့ပြီး pks12 သည် ပရိုတင်း၏ မတူညီသော ဒိုမိန်းများကို ကိုယ်စားပြုသည့် အပိုင်းနှစ်ပိုင်းနှင့် သုံးပိုင်းစီ အသီးသီးသတ်မှတ်ထားသည် (နောက်ဆက်တွဲ ပုံ 3-5)။ ဤအချက်အလက်များကိုထည့်သွင်းစဉ်းစားကာ Gubbins နှင့် RDP4 ဆော့ဖ်ဝဲနှစ်ခုလုံးသည် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုလုပ်ဆောင်ပြီး window အတွင်းရှိ အများဆုံး 500 bp ၏ core multiple alignment ကိုစစ်ဆေးပါ၊ PE/PPE gene သည် narX နှင့် pks12 တို့ကို သက်ရောက်သည့် recombination signal ကို အနှောင့်အယှက်ပေးမည်မဟုတ်ကြောင်း အတည်ပြုပါသည်။
ဤဒေတာအတွဲတွင်တွေ့ရှိသည့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းအချက်ပြမှုများကို ကျန်ရှိနေသည်ဟု ယူဆနိုင်သော်လည်း M. bovis တွင် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းကို ဖယ်ထုတ်၍မရသည်မှာ မှန်ပါသည်၊ ထို့ကြောင့် ၎င်းသည် ကွဲပြားသောကူးစက်ရောဂါအခြေအနေများမှ genomes အားလုံးကို အရေးကြီးအဖြစ် စီတန်းထားသော နောက်ထပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏အကြောင်းအရာအဖြစ် ဆက်လက်ရှိနေသင့်ပါသည်။
ပြန်လည်ပေါင်းစည်းတည့်မတ်ခြင်းမပြုမီနှင့် အပြီးတွင်ရရှိသော ML ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်များကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်း (ပုံ 2A၊ B) သည် ကောက်ချက်ချထားသော ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်နွယ်မှုတွင် သိသာထင်ရှားသောပြောင်းလဲမှုများကို မဖြစ်ပေါ်စေဘဲ M. bovis မျိုးကွဲများကို တူညီသောအုပ်စုတွင် စုပြုံထားသည်။
M. bovis AF2122/97 ၏ ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်ဖြင့် တွဲထားသော M. bovis 42 ခုကို မြေပုံဆွဲပြီးနောက်၊ 1816 polymorphic ရာထူးများပါဝင်သော SNP ချိန်ညှိမှုကို ရရှိခဲ့သည်။ SNPs အများစု (87.1%) သည် coding ဒေသတွင် တည်ရှိပြီး သက်ရောက်မှုရှိသော မျိုးဗီဇများသည် Bovilist (ပုံ 6A၊ B) တွင်ပြသထားသည့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော အမျိုးအစားများအလိုက် လက္ခဏာရပ်များဖြစ်သည်။ လုပ်ငန်းဆောင်တာအမျိုးအစားတစ်ခုစီရှိ ဗီဇစုစုပေါင်းအရေအတွက်ကို ထည့်သွင်းစဉ်းစား၍ "lipid metabolism" အမျိုးအစားရှိ ဗီဇများသည် SNPs များကို ပိုမိုပြသခဲ့ပြီး၊ ထို့နောက်တွင် "ဆဲလ်နံရံနှင့် ဆဲလ်ဖြစ်စဉ်များ" နှင့် "အလယ်အလတ် ဇီဝြဖစ်ပျက်မှုနှင့် အသက်ရှုခြင်း" တို့က ၎င်းတို့သည် M. bovis ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင် ရှိနေကြောင်း ဖော်ပြကြသည်။
ပေါ်တူဂီနိုင်ငံမှ M. bovis ဒေတာအတွဲ (n=42) ၏ အထက်တန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။ မှတ်ပုံတင်ထားသော SNPs စုစုပေါင်းအရေအတွက်နှင့် လုပ်ဆောင်ချက်အမျိုးအစား (A) တစ်ခုစီအတွက် သက်ရောက်မှုရှိသော မျိုးဗီဇများ။ လုပ်ဆောင်ချက်အမျိုးအစား (B) ဖြင့် စာရင်းသွင်းထားသော အဓိပ္ပါယ်တူနှင့် အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်သော ပြောင်းလဲမှုများ စုစုပေါင်းအရေအတွက်။
တစ်ကမ္ဘာလုံးအတိုင်းအတာအရ၊ ပျမ်းမျှ dN/dS အချိုးသည် 1.5 ထက် ပိုကောင်းသည်၊ ၎င်းသည် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဖိအားသည် ဘိုးဘွားများကို ဖယ်ရှားရန်ဖြစ်ပြီး အပြုသဘော (ကွဲပြားသော သို့မဟုတ် ညွှန်ကြားသည်) နှင့်/သို့မဟုတ် ဖြေလျှော့ပေးသည့် သန့်စင်မှုရွေးချယ်မှုအခြေအနေတို့ကို ကိုယ်စားပြုကြောင်း ဖော်ပြသည်။ "ဗိုင်းရပ်စ်၊ အဆိပ်ထုတ်ခြင်း၊ လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်"၊ "ထည့်သွင်းမှု အပိုင်းများနှင့် ဖာ့ဂ်ျ" နှင့် "စည်းကမ်းထိန်းသိမ်းရေးပရိုတင်းများ" ၏ အမျိုးအစားများတွင် SNP များ၏ သုံးပုံနှစ်ပုံကျော်သည် အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်ပါ (ပုံ 6B)။
အမျိုးအစားအားလုံးတွင်၊ SNPs အများအပြားပါသော ဗီဇများရှိပြီး ပျမ်းမျှပြောင်းလဲမှုနှုန်း (ဆိုလိုသည်မှာ မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလျှင် ပျမ်းမျှ SNP) သည် 1 (ပုံ 6A) ထက် ပိုများသည်။ SNP 8 ခုပါသော 15 SNP နှင့် fas (Mb2553c) ပါရှိသော Pks12 (Mb2074c) သည် ဗီဇပြောင်းလဲမှုတန်ဖိုးများ ပိုမိုမြင့်မားသည်။ ဤဗီဇနှစ်ခုစလုံးသည် fatty acid metabolism တွင်ပါဝင်ပါသည်။ pks ဗီဇသည် mycobacterial cell wall lipid biosynthesis74,75 တွင်ပါဝင်သော ဘက်စုံသုံးအင်ဇိုင်းဖြစ်သည့် polyketide synthase (PKS) ကို ကုဒ်လုပ်သည်။ ဤဗီဇသည် mycoketides74,76 ၏ပေါင်းစပ်မှုတွင်ပါဝင်သည့်ဘက်စုံသုံး polypeptide ကိုကုဒ်လုပ်သည်။ fas gene သည် mycolic acid ပေါင်းစပ်မှုတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ဤမျိုးဗီဇနှစ်ခုစလုံးသည် host နှင့်အဆက်အသွယ်ရှိဆဲလ်နံရံ၏ဇီဝပေါင်းစပ်မှုတွင်အရေးကြီးသောအခန်းကဏ္ဍမှပါဝင်သည်။
Mycobacterium bovis ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ဆက်လက်လေ့လာရန်အတွက် သီးခြားမျိုးဗီဇ နှစ်ခုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခဲ့သည်။ MTBC ဘိုးဘေးများမှ HGT မှတဆင့် MTBC ဘိုးဘေးများထံမှ ရရှိခဲ့သော မျိုးဗီဇများကို အမျိုးအစားခွဲဖွဲ့စည်းမှုနှင့် phylogenetic နည်းလမ်းများကို အသုံးပြု၍ ယခင်က ထုတ်ဝေခဲ့သော အလုပ်များ 37,38။ ဤဗီဇများကို နောက်ဆက်တွဲဇယား 2 တွင်ဖော်ပြထားပါသည်။ HGT နှင့်ဆက်စပ်နိုင်သည့် စုစုပေါင်းဗီဇ 77 ခု၏ SNP ဖြန့်ဖြူးမှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာပြီး polymorphic sites 26 ခုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့ပြီး၊ အများစုမှာ (78%) သည် အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်သော (NS) ပြောင်းလဲမှုများ ဖြစ်ပေါ်ခဲ့သည် (နောက်ဆက်တွဲဇယား 2)။ MTBC ဂျီနိုမ်တွင် ယခင်အလုပ်က putative HGT ဒေသသည် ကျန်ဂျီနိုမ်များနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက ပိုမိုမြင့်မားသော NS SNP အချိုးကို ပြသထားကြောင်း သက်သေပြခဲ့သည်။ ဤပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသောဒေသများကို MTBC ဘိုးဘေးများမှရရှိသည်ဟုယူဆပါက၊ ၎င်းတို့သည် ရှေးခေတ် polymorphisms များကို ကိုယ်စားပြုမှု ကျော်လွန်နေပါက၊ တူညီသောပြောင်းလဲမှုများ၏အချိုးအစားသည် ပိုမိုမြင့်မားလာမည်ဟု မျှော်လင့်ရသောကြောင့်၊ NS အစားထိုးမှုများကို အမိုင်နိုအက်ဆစ်ပြောင်းလဲမှုများကြောင့် အနုတ်လက္ခဏာရွေးချယ်ခြင်းဖြင့် ဖယ်ရှားပစ်မည်ဟု မျှော်လင့်ရသည်။ ထို့ကြောင့်၊ ကျွန်ုပ်တို့၏ရလဒ်များသည် တန်ဖိုးရှိသော လိုက်လျောညီထွေရှိသော မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုအတွက် ၎င်းတို့၏အရေးကြီးမှုကို ထင်ဟပ်စေသည့် HGT ကဲ့သို့သော မျိုးဗီဇများကို အစားထိုးခြင်းမှ ဖြစ်ပေါ်လာနိုင်သည်ဟု ကျွန်ုပ်တို့၏ရလဒ်များက ဖော်ပြသည်။
ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့်အတူအပြိုင်၊ 3R (DNA ပြုပြင်ခြင်း၊ ပွားခြင်းနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း) စနစ်၏ အစိတ်အပိုင်းများကို ကုဒ်လုပ်ထားသော မျိုးဗီဇများကို dos Vultos နှင့် ပူးပေါင်းဆောင်ရွက်သူများ (2008)39 မှ ထုတ်ပြန်ထားသော စာရင်းနှင့်အညီ သေချာစွာ စစ်ဆေးခဲ့ပါသည်။ တူညီသော DNA အပိုင်းအစများ ဖလှယ်ခြင်းကို တိုက်ရိုက်ကြည့်ရှုခြင်းမပြုနိုင်သော်လည်း၊ ဤဒေတာအစုအဝေးတွင်ကဲ့သို့ နီးကပ်စွာဆက်နွယ်နေသော ဘက်တီးရီးယားများ ပါဝင်လာသည့်အခါ မကြာခဏ ဖြစ်စဉ်တစ်ခု ဖြစ်နိုင်သော်လည်း၊ ထို့အပြင်၊ ဤလုပ်ငန်းစဉ်သည် DNA ပြုပြင်ခြင်းနည်းလမ်းများ72 ၏သော့ချက်ဖြစ်နိုင်သည်၊ ထို့ကြောင့် တူညီသောပြန်လည်ပေါင်းစပ်မှုတွင် ပါဝင်လုပ်ဆောင်ပါ။ မျိုးဗီဇ 54 ခုမှ ခွဲဝေထားသော ပိုလီမိုရစ် အနေအထား 26 ခုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည် (နောက်ဆက်တွဲဇယား 3)။ ဤမျိုးဗီဇအစုတွင်၊ NS ပြောင်းလဲမှုများသည် Mycobacterium tuberculosis မျိုးကွဲဆိုင်ရာ ယခင်အစီရင်ခံစာများနှင့်ကိုက်ညီသည့် အကျိုးဆက်များ၏ 65% ခန့်ရှိသည်။
တင်ချိန်- အောက်တိုဘာ ၂၁-၂၀၂၁